危险废物的处置不合规，已成了治理长江污染的薄弱环节。2018年6月19日，国家审计署发布了首份长江经济带生态环境保护“体检报告”。
审计署的报告显示，除了非法倾倒和非法排污这“两大杀手”，非法捕捞和非法采砂，也是危及长江流域生态环境的主要问题。
2016年以来，长江经济带沿江省份共查处非法倾倒、偷排偷放、乱占滥用、乱砍滥伐等违法案件9.78万件，移送司法机关处理2635人。
实际上，自2016年以来，长江流域的环境保护工作已越发受到重视。2016年1月5日，推动长江经济带发展座谈会在重庆召开，中共中央**在会上为长江发展定调：“共抓大保护，不搞大开发”。
此后，多部门均在长江流域部署相关行动。生态环境部于2016年5月启动了长江经济带饮用水水源地环保执法专项行动，截至2017年底，共排查整治490个存在问题的饮用水源地。
2018年4月26日下午，*在武汉主持召开深入推动长江经济带发展座谈会时，又提出“把修复长江生态摆在压倒性位置”。2018年4月以来，已有多部门开始贯彻落实中共中央**这一讲话精神。
公安部部署沿江各地公安机关重点对非法采砂、非法捕捞、非法排污、非法倾倒废物垃圾等违法犯罪活动开展深入打击。
2018年5月20日至6月2日，生态环境部进行了“回头看”，对过去两年已完成整治的长江经济带11省份地级及以上饮用水水源地展开督查。
多部门还“剑指”被称为“长江杀手”的非法倾倒固体废物。2018年4月20日至5月15日，水利部派出11个工作组，对沿江11省份固体废物点位排查工作进行督导检查，共排查出固体废物点位1376处。
几乎是同时，生态环境部也在2018年5月上旬，启动了“清废行动2018”，对11省份的固体废物倾倒情况进行全面摸排核实。同在5月，国家发改委组织11省份负责人，召开了推动长江经济带发展领导小组办公室会议，要求加强水污染治理，加强水生态修复。
“发改委在做长江流域的保护，水利部门也在做，环保部门也在做，各地方政府也都在做。”在全国政协社会和法制委员会驻会副主任吕忠梅看来，各部门如果能形成合力，治理长江污染将会更加有效。
吕忠梅是法学专业的博士生导师，研究方向之一就是环境资源法。她对南方周末记者说，长江治理是“典型的九龙治水”，交通部门管航道，农业部门管养殖，林业部门管湿地……
尽管有长江水利委员会，但在清华大学水利系教授周建军看来“现在的长江委没法实现统筹省与省之间、部门与部门之间的职责”，他的建议是“需要有一个部门，在长江流域的管理与保护问题上，能协调得动各部门、各地方”。
面对多头管理的现状，长江水利委员会书面回复南方周末记者称，“在当前和今后相当长一段时间，把修复长江生态环境摆在压倒性位置。”
作为法学学者，吕忠梅更希望能从法律层面解决长江的保护问题。2003年，吕忠梅以全国人大代表的身份，第一次提交了有关制定“长江法”的建议。2017年，她最后一次以全国人大代表身份出席全国“两会”时，已是国家社科基金重大项目《长江流域立法研究》课题组的首席专家，继续建议制定长江法。
她当时统计的结果是，长江流域涉水事务管理权分属中央15个部委、76项职能，19个省级政府、100多项职能。“长江法要解决的一个最重要的问题是多头管理。”吕忠梅希望能尽快理顺长江流域治理的体制机制。